Patrimoniul etnografic administrat de MNCR este alcătuit din piese aparţinând patrimoniului imobil: 2 construcţii, monumente etnografice (o moară şi un „găbănaş” - spaţiu de depozitare monocelular) şi piese din patrimoniul mobil: piese individuale sau ansambluri de piese. Acesta a ajuns la un număr de 1.870 de înregistrări la sfârşitul anului 2009.
    Patrimoniul etnografic a rezultat în urma cercetărilor de teren efectuate de colectivul muzeului, în colaborare cu specialişti sau muzee din ţară, în judeţele Covasna, Harghita, Braşov, Bistriţa-Năsăud, Mureş, Bacău. Majoritatea pieselor au intrat în patrimoniul MNCR prin achiziţionarea acestora de la persoane fizice, însă se înregistrează şi un număr semnificativ de donaţii.
Cele mai importante cercetări etnografice au urmărit teme cum ar fi: păstoritul transhumant, oieritul din zona Covasnei, exploatarea tradiţională a surselor de sare, interferenţe etno-culturale româno-secuieşti, portul popular din zona Harghitei. De asemenea, muzeul a realizat şi cercetări monografice, la Vidacut, jud. Harghita, şi la Poiana Sărată, comuna Oituz, jud. Bacău. 
    Achiziţia pieselor etnografice s-a realizat urmărindu-se sprecificul cercetărilor etnografice tematice, în ultimii ani punându-se însă accent pe completarea şi întregirea acestor „colecţii”.
    Patrimoniul etnografic se împarte pe tipuri de obiecte, în funcţie de materialul din care sunt ele confecţionate: piese de lemn, piese ceramice, piese din sticlă, piese metalice, piese din lemn si metal, piese textile, dar şi în funcţie de utilitatea acestora: unelte de câmp, unelte folosite în gospodărie, mijloace de transport, piese folosite în cadrul unor obiceiuri şi tradiţii populare, piese de păstorit, mobilier, textile de interior, port popular etc.